Соловецкий музей–заповедник известен не только памятниками каменного зодчества. Не менее значительное, для провинциального музея, собрание музейных предметов рассказывает о многовековой истории Соловецкого монастыря, о культуре и быте Поморья. Состав фондов музея–заповедника на 01.07.2007 г. насчитывает:

• основного фонда — 17660 единиц хранения;
• научно-вспомогательного фонда — 65292 единиц хранения.

Основные темы комплектования:

• археологические материалы, дающие представление о древнейшей истории освоения человеком Соловецких островов с середины V тысячилетия до н.э. — XV вв.;

• предметы, связанные с историей Соловецкого монастыря (иконы, храмовое убранство, документы, книги, предметы быта, ремесленные изделия, строительные материалы и т.д.) XV — XX вв.;

• предметы, связанные с историей Соловецких лагерей особого назначения 1923–1937 гг. (фотографии, документы, предметы быта заключенных и т.д.);

• предметы, связанные с историей Соловецкой школы юнг, 1941–1945 гг. (личные вещи и предметы военного быта юнг, оружие, корабельные приборы, детали вооружения и т.д.);

• предметы, связанные с историей создания Соловецкого музея–заповедника и реставрацией памятников Соловецких островов (планы, обмеры, документы, фотографии, негативы и т.д.);

• предметы, связанные с современной историей Соловков (картографический материал, открытки и фотографии, картины, сувениры, буклеты и т.д.)

В настоящее время основными источниками пополнения музейных фондов являются археологические экспедиции: «первобытная» и «монастырская».