Почти половина музейных предметов требуют постоянных профилактических и реставрационных работ. Ежегодно силами штатных реставраторов музея–заповедника такие работы проводятся на 20–30 произведениях древнерусской живописи и текстиля.

Неоценимую помощь тут оказывают сотрудники Архангельского филиала Всероссийского художественного научно–реставрационного центра имени академика И.Э. Грабаря. Только в 2007 г. специалистами этого центра отреставрировано 38 предметов из фондов нашего музея, в их числе топоры с клеймами Соловецкого монастыря, обнаруженные в процессе археологических раскопок, изделия из фарфора и фаянса с изображением монастыря, гравюры , журнал «Соловецкие острова» 1925 г. издания.