Стабильное финансирование последних лет позволило Соловецкому музею-заповеднику восстановить и укрепить свой научный, исследовательский и информационный потенциал. После тяжелого экономического кризиса конца и середины 90–х гг. XX в. музей возобновил активную издательскую деятельность. В тесном сотрудничестве с ведущими исследовательскими и научными учреждениями Москвы, Санкт-Петербурга, Архангельска проводятся регулярные научно-исследовательские экспедиции.

В 2003 г. началась реализация комплексной и многоэтапной программы мониторинга природных и архитектурных объектов.