Руководство блоком осуществляет заместитель директора по научной работе — Алексанадр Яковлевич Мартынов.

В состав блока входят следующие основные структурные подразделения:

• Отдел изучения наследия Соловецкого монастыря, заведующий отделом — Олег Геннадиевич Волков;
• Отдел археологических исследований, заведующий отделом — Александр Яковлевич Мартынов;
• Отдел истории ХХ века, заведующий отделом — Ольга Владимировна Бочкарева;
• Отдел природы — Ботанический сад, заведующий отделом — Ольга Васильевна Гришанова;
• Научно-методический отдел, заведующий отделом — Анна Петровна Яковлева;
• Сектор «Школа ремесел», заведующий сектором — Елена Вячеславовна Волкова;
• Научная библиотека;
• Научный архив;