21 июля 1923 года Архангельский губисполком принял постановление о ликвидации всех церквей Соловецкого монастыря и передаче монастырского имущества Управлению Северными лагерями.
Соловецкие храмы рассматривались, по сути, как не представляющие историко-художественного значения. Отныне считалось возможным их использование для жилья, по причине «остроты жилищного положения на островах в связи с переводом туда лагерей».
После закрытия лагеря соловецкие памятники использовались для различных нужд Учебным отрядом Северного флота. Лишь в конце 1950-х годов общество пришло к осознанию значимости и уникальности соловецкого наследия и необходимости его сохранения.
Первым, кто попытался обратить внимание общественности на проблемы сохранения соловецких памятников стал директор соловецкой школы Павел Павлович Витков. Его многочисленные публикации в средствах массовой информации, обращения в органы власти и письма в Академию наук СССС открыли путь к решению этой проблемы. В 1960 году Совет Министров РСФСР издал постановление «О дальнейшем улучшении дела охраны памятников РСФСР», определившее меры по сохранению и подготовке к музейному показу наиболее ценных историко-культурных комплексов: наряду с Великим Новгородом, Кижами, Суздалем в их число вошли и Соловки. Уже на следующий год с территории ансамбля Соловецкого монастыря была выведена воинская часть, а также начаты работы по консервации разрушающихся храмов.
В июле 1966 года в Архангельске состоялась всесоюзная конференция «Памятники культуры Русского Севера». Впервые научное сообщество и представители власти обсудили проблемы изучения и сохранения памятников истории и культуры Соловецких островов. Тогда же были сформулированы и задачи деятельности создаваемого на Соловках музея-заповедника. На конференции с докладом «Задачи изучения Соловецкого историко-культурного комплекса» выступил Дмитрий Сергеевич Лихачев, сделавший огромный вклад в дело сохранения соловецкого наследия.
С созданием в 1967 году Соловецкого музея-заповедника начинается масштабная реставрация памятников Соловецких островов, их планомерное изучение и популяризация соловецкого наследия.
В 1992 году историко-культурный комплекс Соловецких островов вошел в Список всемирного наследия ЮНЕСКО.