Соловецкий музей-заповедник был основан благодаря инициативе и активной общественной деятельности граждан, неравнодушных к судьбе Соловков.
Инициатором создания «историко-биологического заповедника» на Соловецких островах стал директор Соловецкой средней школы Павел Васильевич Витков. Благодаря его организационным усилиям и многочисленным публикациям в 1957-1965 гг. к проблеме сохранения историко-культурного и природного наследия Соловков было привлечено пристальное внимание Академии наук СССР и региональной печати. Началось экскурсионное обслуживание посетителей острова, при школе был создан общественный музей, организован уход за историческими посадками и территорией будущего Ботанического сада.
Первым штатным экскурсоводом на Соловках (впоследствии – первым директором музея-заповедника) стала искусствовед С.В. Вереш (1965 г.).
Важную роль в формировании широкого общественного мнения о необходимости восстановления историко-культурных памятников и создания музея на Соловках сыграл Дмитрий Сергеевич Лихачёв.
В 1964-1968 гг. в центральной и региональной печати были опубликованы статьи Я. Голованова («Соловецкие фантазии»), В. Безуглого и В. Шмыгановского («Оазис у Полярного круга»), Ю. Казакова («Соловецкие фантазии»), В. Безуглого и В. Шмыгановского («Оазис у Полярного круга»), Ю. Казакова («Соловецкие мечтания») и других авторов, проникнутые горечью и тревогой за «ужасающее состояние» памятников, убеждавшие в необходимости создания государственного музея-заповедника на Соловецких островах и организации масштабных реставрационных работ.
Параллельно с этим в 1960-1966 гг. органы центральной (Совет Министров РСФСР) и региональной (Архангельский облисполком) власти приняли ряд решений о сохранении, изучении и использовании историко-культурных памятников Соловков, организации реставрационных работ на островах, передаче памятников архипелага на баланс областного Управления культуры, экскурсионном и туристическом обслуживании, подготовке помещений для будущего музея.
Cоловецкий историко-архитектурный музей-заповедник – филиал Архангельского областного краеведческого музея: 1967-1974 гг.
Соловецкий историко-архитектурный музей-заповедник (СИАМЗ) – филиал Архангельского областного краеведческого музея (АОКМ) создан по распоряжению Совета Министров РСФСР № 69-р от 10 января 1967 г.
Первоначально коллектив музея-заповедника составляли 11 сотрудников, в том числе 4 специалиста: Е.П. Абрамов, Л.А. Власова, А.И. Осипович, С.А. Лёвкина.
В 1967-1974 гг. коллективом музея было начато формирование первых музейных коллекций, основаны научный архив и библиотека, организованы 11 историко-бытовых и этнографических экспедиций, в которых обследованы 20 населенных пунктов в пяти районах Республики Карелия, Архангельской и Мурманской областей (бывшие вотчины Соловецкого монастыря). В музее созданы первая стационарная экспозиция в анфиладе залов Настоятельского корпуса, а также ряд временных выставок по различным темам истории, культуры и природы Соловков. Сотрудниками СИАМЗ были освоены главные экскурсионные маршруты Большого Соловецкого острова, организовано летнее обслуживание экскурсионных групп (до 19675 посетителей). Все эти годы работники музея самостоятельно заготавливали дрова для печного отопления, освобождали территорию монастыря от многолетних завалов мусора и выполняли массу других «немузейных» работ.
К концу 1974 г. Правительством РСФСР были реализованы предложения Управления культуры Архоблисполкома и Архангельского областного краеведческого музея по реорганизации Соловецкого историко-архитектурного музея-заповедника, филиала АОКМ в самостоятельный государственный историко-архитектурный и природный музей-заповедник.
Cоловецкий государственный историко-архитектурный и природный музей-заповедник: 1975-1986 гг.
Постановлением Совета Министров Российской Федерации № 632 от 12.12.1974 г. историко-архитектурный музей-заповедник на Соловках был реорганизован в Соловецкий государственный историко-архитектурный и природный музей-заповедник (СГИАПМЗ), подчинённый Управлению культуры Архангельского облисполкома.
В 1975-1976 гг. была сформирована новая структура Соловецкого музея-заповедника, в которую вошли 6 отделов (научно-экспозиционный, реставрации и эксплуатации памятников, природы, учёта и хранения фондов, научной пропаганды, художественно-оформительский), а также научный архив и научная библиотека, фотолаборатория, реставрационные мастерские, административно-хозяйственная часть. Был набран штат сотрудников в количестве 70 человек. С 1976 г. в состав СГИАПМЗ вошёл Онежско-Кийский филиал (г. Онега, Кий-остров).
Вторая половина 1970-х – первая половина 1980-х гг. – время активной экспедиционной деятельности Соловецкого музея-заповедника, создания многочисленных тематических экспозиций и выставок, масштабной экскурсионной работы. В этот период была организована научно-практическая деятельность Ботанического сада как структурного подразделения СГИАПМЗ, осуществлена реставрация настенной живописи Благовещенской (Надвратной) церкви (бригада под руководством преподавателя Московского художественного училища им. 1905 г. Ю.М. Егорова). В музее сформированы и приступили к работе стационарные экспедиции: археологическая (под руководством А.Я. Мартынова) и орнитологическая (под началом А.Е. Черенкова). Первая из них работает в музее до настоящего времени, вторая в 1996 г. стала частью Соловецкой биологической станции МГУ им. М.В. Ломоносова. Значительно увеличились масштабы экскурсионной работы, был создан студенческий экскурсионный отряд АГПИ им. М.В. Ломоносова «Биармы» (1980). Музей организовал первые научно-практические семинары и конференции, выпустил первые научные издания. Было положено начало активной работы первых отрядов волонтёров (ДЮЦ «Виктория» из Москвы (руководитель – С.Я. Коцот), Архангельский дом пионеров и школьников (руководитель – В.Н. Дурнев).
Соловецкий музей-заповедник в период перемен: 1987-1998 гг.
К концу 1980-х годов Соловецкий музей-заповедник достиг наиболее существенных для «советского» периода его истории результатов в реставрационной, научно-исследовательской, экспозиционно-выставочной и экскурсионной деятельности. В 1986 г. ему были переданы функции заказчика реставрационных работ на памятниках истории и культуры Соловецкого архипелага (исполнялись до 2011 г.). В 1989 г. группой экспозиционеров (А.В. Баженов, А.В. Мельник, А.А. Сошина, Ю.А. Бродский) была создана одна из самых значительных стационарных экспозиций – «Соловецкий лагерь особого назначения. 1923-1939 гг.». Это первая в Советском Союзе выставка, посвященная теме политических репрессий 1920-х – 1930-х гг. Археологическая и орнитологическая экспедиции СГИАПМЗ развернули планомерные системные работы по исследованию первобытного и средневекового (дохристианского) прошлого Соловков, а также мониторингу и изучению орнитофауны островов Белого моря. К осени 1992 г. по заказу музея-заповедника НИиППК «Палата» (руководитель - В.В. Сошин) и реставрационным отрядом «Соловки» (выпускники и студенты физфака МГУ им. М.В. Ломоносова) выполнены основные реставрационные работы на Спасо-Преображенском соборе. Совместными усилиями кооператива «Палата», музея-заповедника (археологическая экспедиция) и отряда «Соловки» была благоустроена территория и законсервированы памятники Свято-Андреевского скита на Б. Заяцком острове. В 1989-1991 гг. музей принял максимально большое число посетителей (до 193000).
С октября 1990 г. началось возрождение Спасо-Преображенского Соловецкого ставропигиального мужского монастыря, осуществлявшееся при активной поддержке Соловецкого музея-заповедника. В соответствие с решением Администрации Архангельской области с начала 1990-х годов музей-заповедник начал передачу историко-культурных памятников Спасо-Преображенскому Соловецкому монастырю в бессрочное бесплатное пользование.
1990-е годы – тяжёлое время в жизни музея-заповедника, вызванное кризисным состоянием Российского государства и общества. В этих условиях дирекции и коллективу музея при поддержке священноначалия Спасо-Преображенского монастыря (архимандрит Иосиф) и Патриарха Московского и всея Руси Алексия II удалось добиться включения историко-архитектурного ансамбля Соловецких островов в Список Всемирного наследия ЮНЕСКО (1992), введения Соловецкого музея-заповедника в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации (1995), перевода музея из районного на областной (1996), а затем на Федеральный (1998) бюджет.
В середине 1990-х годов совместными усилиями музея, кооператива «Палата» и монастыря был выполнен ряд важных проектов: консервация памятников Свято-Троицкого скита и ремонт дорог на Анзерском острове, завершение реконструкции интерьера Благовещенской церкви, оформление совместных выставок, посвящённых юбилею современного Спасо-Преображенского монастыря и памяти митрополита Филиппа (Колычева).
Музеем-заповедником создан ряд экспозиций и выставок, в том числе стационарная экспозиция «Страницы истории Соловецкого монастыря» (1997, экспозиционер: О.В. Бочкарёва при участии сотрудников отдела фондов), продолжено комплектование и изучение фондовых коллекций, построен на Архангельской ремонтно-эксплуатационной базе (РЭБ) первый музейный теплоход «Печак» и выполнен ряд других проектов. В это десятилетие Соловки, монастырь и музей дважды посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В 1997 г. коллектив музея-заповедника был награждён Патриаршей грамотой «за усердные труды во славу Святой Православной церкви».
Федеральный музей-заповедник: 1998 г. – настоящее время
Как Федеральное государственное учреждение культуры Соловецкий музей-заповедник был принят в ведение Министерства культуры РФ по приказу № 543 от 10.11.1998 г. С 2001 г. штат музея был увеличен до 170 человек, созданы новые структурные подразделения (экспозиционный отдел и отдел информационных технологий, образовательный и издательский центры, служба безопасности и др.), учреждено Представительство музея в г. Архангельске, расширена хозяйственная часть, создана производственная база для ремонтных работ на памятниках и объектах, находящихся под управлением музея.
Благодаря стабильному финансированию из Федерального бюджета в музее-заповеднике были созданы единая компьютерная сеть, электронные базы данных фондовых коллекций (КАМИС 2000) и недвижимых памятников (КАИСА). Подготовлены для показа посетителям интерьеры ряда памятников (Ризница и её подклеты, Сушило, Мельница, Колокольня, Галерея, подклеты Спасо-Преображенского собора, южный узел Соловецкой крепости, лагерный барак на ул. Заозерная и др.). Создан ряд новых экспозиций и выставок: «Соловецкая школа юнг», «Монастырская тюрьма», «Соловки подземные археологические», «Соловецкие печи», «Первобытная археология Соловков: опыт полевых и экспериментальных исследований», «Соловецкие лагеря и тюрьма. 1920-1939», «Соловецкая Ризница: историко-культурное наследие Соловецкого монастыря» и др. Совместно с Соловецким монастырём построены выставки «Подвижники благочестия Соловецкого монастыря» и «Соловки: Голгофа и Воскресение. Наследие Соловков в прошлом, настоящем и будущем России», которая с 2010 г. успешно экспонируется в разных городах России. В 2014 году силами сотрудников «Школы ремесел» создана передвижная выставка «Взят от земли яко Адам. Традиции гончарного дела Русского Севера», показанная в Петрозаводске, Архангельске, Череповце, Йошкар-Оле и Ижевске.
В эти годы экспедициями музея открыты и исследованы 35 памятников первобытной культуры, осуществлены широкомасштабные раскопки культурного слоя ряда монастырских поселений Соловецкого архипелага. Совместно с другими научно-исследовательскими организациями музеем проведен ряд экспедиций по изучению флоры и фауны Соловецких островов. С 2001 г. на островах архипелага осуществляются полевые научно-исследовательские работы по истории Соловецких лагерей и тюрьмы 1920-1939 гг. В 2000-2017 гг. опубликованы 45 научных и научно-популярных изданий, в том числе пять монографий и 8 каталогов объектов природы, памятников культуры, музейных коллекций и выставок. Успешно развивались традиционные направления музейной работы (комплектование и изучение фондовых коллекций, пополнение архива и библиотеки, консервация и реставрация музейных предметов, интродукция и акклиматизация растений в Ботаническом саду, экскурсионное обслуживание посетителей и др.). Апробированы и получили признание новые виды музейной работы: фестивали, ярмарки, конкурсы, «чемпионаты», пленэры…
10 января 2017 г. Соловецкому музею-заповеднику исполнилось 50 лет.